결제시스템에 참가하는 금융기관 간 자금결제에서 일정 기간(보통 1일) 동안 발생한 거래의 상호 지급액과 수취액을 모두 상계처리한 다음 그 차액만을 결제하는 시스템으로 양자간 차액결제시스템과 어음교환, CD, 타행환시스템 등과 같이 다수의 금융기관 간에 이루어지는 다자간 차액결제시스템으로 구분된다.
차액결제시스템은 참가기관간 자금 거래를 매 건별로 결제하는 총액결제에 비해 결제 건수 및 금액을 대폭 축소함으로써 참가기관의 자금부담과 결제비용을 경감시키고 결제시스템의 효율성을 높이기 때문에 결제건수가 많고 결제규모가 작은 소액결제시스템에 매우 적합한 제도라 할 수 있다.
그러나 차액결제시스템에서는 거래일 영업마감 후 또는 그 다음 영업일에 참가기관간 거래차액이 중앙은행의 당좌예금 계좌를 통해 최종적으로 결제될 때까지 참가기관의 결제불이행 위험에 노출되어 있어 보다 엄격한 리스크 관리방식이 요구된다.